Ustawodawca W przypadkach przewidzianych w ustawie o gospodarce nieruchomościami z dnia 21 sierpnia 1997 r. ze zm. (Dz. U. z 2014 r., poz. 518) przewidział sytuacje, w których użytkownik wieczysty może uzyskać bonifikaty od pierwszej opłaty z tytułu użytkowania wieczystego i opłat rocznych. Uprawnienie do udzielania bonifikat przysługuje staroście w stosunku do nieruchomości Skarbu Państwa za zgodą wojewody oraz organom wykonawczym jednostek samorządu terytorialnego w stosunku do nieruchomości będących własnością jednostek samorządu terytorialnego za uprzednią zgodą rady lub sejmik. Bonifikaty można stosować  także do nieruchomości gruntowych oddanych w użytkowanie wieczyste przed dniem 1 stycznia 1998 r.
Bonifikaty powyższe organy udzielają przy sprzedaży nieruchomości w drodze bezprzetargowej i to od ich uznania (za zgodą wskazanych wyżej organów) zależy czy zostaną one przyznane użytkownikowi wieczystemu. Przy czym nie dotyczy to nieruchomości wpisanych do rejestru zabytków.
W drodze zarządzenia lub uchwały przed odpowiednio wojewodę oraz radę lub sejmik ustalane są stawki procentowe udzielonych bonifikat oraz ich warunki ustalane są. Przy czym udzielenie w drodze zarządzenia lub uchwały zgody na przyznanie bonifikat również w tym przypadku ma charakter indywidualny.

Ustawodawca przewidział enumeratywnie w art. 68 ust. 1 ustawy o gospodarce nieruchomościami sytuacje, które uprawniają organy do udzielenia bonifikat od opłat z tytułu użytkowania wieczystego. Przy czym szczególny status posiadają nieruchomości wpisane do rejestru zabytków, gdyż ustaloną opłatę z tytułu użytkowania wieczystego obniża się wówczas o 50%.

Wskazać należy, że uprawniony organ wypowie udzieloną bonifikatę jeżeli osoba, której oddano nieruchomość w użytkowanie wieczyste, przed upływem 10 lat, licząc od dnia ustanowienia tego prawa, dokonała zbycia prawa użytkowania wieczystego lub wykorzystała nieruchomość na inne cele niż cele uzasadniające udzielenie bonifikaty. Przy czym nie dotyczy to zbycia prawa użytkowania wieczystego na rzecz bliskiej osoby, pomiędzy jednostki samorządu terytorialnego jak również zbycia pomiędzy jednostkami samorządu terytorialnego a Skarbem Państwa.
Na wniosek osób fizycznych, których miesięczny dochód na jednego członka gospodarstwa domowego nie przekracza 50% przeciętnego wynagrodzenia w gospodarce narodowej w roku poprzedzającym rok, za który opłata ma być wnoszona, ogłaszanego przez Prezesa GUS, właściwy organ udziela 50% bonifikaty od opłat rocznych z tytułu użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej, jeżeli nieruchomość jest przeznaczona lub też wykorzystywana na cele mieszkaniowe.

Osoby fizyczne, o których mowa powyżej, którym przysługuje spółdzielcze prawo do lokalu, korzystają z bonifikaty w formie ulgi w opłatach z tytułu udziału w kosztach eksploatacji budynków. Wysokość ulgi powinna odpowiadać wysokości bonifikaty od opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej, udzielonej spółdzielni mieszkaniowej, proporcjonalnie do powierzchni lokali zajmowanych przez osoby uprawnione do uzyskania bonifikaty.

Podnieść ponadto należy, że w przypadku zbiegu praw do bonifikaty, czy to w związku z wydanym zarządzeniem lub uchwałą, bądź też z tytułu nieruchomości wpisanej do rejestru zabytków czy też w związku z osiąganiem wskazanego powyżej pułapu dochodu – dla użytkownika wieczystego stosuje się najkorzystniejszą dla niego bonifikatę.